Ambdós masses d’aigua presenten episodis puntuals de salinització importants. Tot i així, en el cas de la massa d’aigua Empordà, de forma general presenta uns valors més estables i propers al valor mitjà històric. I la massa Fluviodeltaica Fluvià-Muga ha sofert episodis més extrems i presenta uns valors més allunyats de la mitja històrica, i és que és la massa d’aigua subterrània més propera al litoral, i per tant la que pateix de forma més acusada la intrusió salina. És doncs, aquesta massa d’aigua subterrània la que cal fer seguiment i control per tal d’avaluar el risc de la menor disponibilitat d’aigua, ja que indicarà una major explotació de la massa, menor quantitat d’aigua dolça i concentració de clorurs per infiltració de l’aigua marina.